Στις 14 Μαΐου 1824, αιγυπτιακά πολεμικά πλοία απέπλευσαν από την Αλεξάνδρεια και ενώθηκαν με το στολίσκο τού Γιβραλτάρ, στον κόλπο της Σούδας. Κατόπιν έπλευσαν προς την Κάσο, κανονιοβόλησαν τις οχυρώσεις της και επέστρεψαν άπρακτα. Οι Κασιώτες, διαβλέποντας τον άμεσο κίνδυνο, έστειλαν δεκάδες επιστολές στην ελληνική κυβέρνηση τού Κουντουριώτη, τού Κωλέττη και τού Μαυροκορδάτου, εκλιπαρώντας για βοήθεια.
«Σεβαστή Διοίκησις
Με μέγιστην βίαν, γράφομεν όλοι οι ομογενείς κάτοικοι τής νήσου Κάσσου, κλαιόμενοι εις τήν Σεβαστήν Διοίκησιν, ειδοποιούντες τήν υμετέραν κορυφήν, ότι τρείς ημέρας έχει σήμερον ο αιγυπτιακός στόλος όπου έχει πλόκον τήν νήσον ημών, καθ’ όλα τά μέρη, μάλιστα τήν ημέραν τής Αναλήψεως μάς έκαμε καί ένα φοβερόν πόλεμον, πλήν, χάριτι θεία, δέν εβλάφθη ουδείς τών Χριστιανών. Λοιπόν παρακαλούμεν τήν Σεβαστήν ημών Διοίκησιν καί μητέρα νά μάς προφθάση βοήθειαν θαλάσσιον καί λοιπά, δι’ όνομα καί αγάπην Θεού, κάμετε έλεος διά ημάς τούς κατοίκους τής νήσου Κάσσου, επειδή καί η γενναιότης καί μεγαλοψυχία ημών είναι μέν πρόθυμοι, όμως κατά τήν θαλάσσιον δύναμιν πολύ σάς παρακαλούμεν νά μάς προφθάσετε.
Η κατάστασις τής αιγυπτιακής αρμάδας έχει ούτως. Έχει φρεγάτας τέσσαρας, καί μία όπου απέρασεν εις Ρόδον, από ιμβρίκια δέκα, καί από μικρά πλοία, γαλλιώτες, δέκα. Ταύτα ιδεάζοντες τήν Σεβαστήν καί Υπερτάτην ημών Διοίκησιν τήν παρακαλούμεν μετά δακρύων, αμέσως καί χωρίς αναβολήν καιρού νά μάς προφθάσετε εις τήν άνωθεν θαλάσσιον δύναμιν. Έτι παρακαλούμεν εις μπαρούτια καί εις βόλια, από μίαν, ή δύο, έως τριών οκάδων τό βάρος. Ταύτα αύθις παρακαλούντες μένομεν καί υπογραφόμενοι.
Εκ Κάσσου, τώ αωκδ’ (1824) τή 17 Μαΐου
Όλοι οι κάτοικοι τής νήσου Κάσσου.»
Οι «εκλαμπρότατοι» και η «Σεβαστή Διοίκησις» όμως ήταν απασχολημένοι με τον εμφύλιο πόλεμο και την εξόντωση των οπλαρχηγών της Πελοποννήσου. Δεν τούς περίσσευαν χρήματα για να σωθεί η Κάσος. Ο Κουντουριώτης, ο οποίος ήταν υποχείριο τού Κωλέττη και σκορπούσε τις λίρες τού αγγλικού δανείου δεξιά και αριστερά, στην επιστολή τού προς τούς άτυχους κατοίκους της Κάσου απάντησε ότι … δεν υπάρχουν λεφτά για τον Ελληνικό στόλο και απορούσε για τον λόγο για τον οποίο οι Κασιώτες δεν είχαν πολεμοφόδια.
«Η Διοίκησις, ως κοινή μήτηρ, δέν θέλει αδιαφορήσει καί εις τάς πολεμικάς χρείας, καί φθάσαντος τού δανείου θέλει σάς οικονομίσει αναλόγως. Τά πολεμικά πλοία εξ Ύδρας καί Σπετσών δέν εκπλέουσιν ακόμη εξ αιτίας όπου τό ταμείον δέν έχει χρήματα νά πληρώσει τούς ναύτας, άμα όμως φθάσουν τά χρήματα καί πληρωθούν οι ναύται θέλουν έβγει ευθύς επειδή είναι έτοιμα.
Απορεί η Διοίκησις παρατηρούσα ότι έχετε έλλειψιν εφοδίων, ενώ ειξεύρει ότι καί πρότερον ήσθε εφωδιασμένοι από αυτά καί τελευταίον λαβόντες τά όσα εκ Κρήτης έφθασαν αυτόθι, εφοδιασθήτε έτι μάλλον τούτο. Αν ο εχθρικός στόλος αποτολμήση νά πλησιάση εις τήν νήσον ταύτην καί νά φροντίση νά κάμη έφοδον, η Διοίκησις γνωρίζουσα τήν γενναιότητά σας καί τήν απόφασίν σας νά θυσιασθήτε πάντες υπέρ πίστεως καί πατρίδος, πληροφορηθείσα ότι καί αρκετά ξένα άρματα ευρίσκονται εις τήν νήσον σας είναι βεβαία ότι θέλετε δώσει τρόμον εις τόν εχθρόν.
Εν Μύλοις Ναυπλίου τή 27 Μαΐου 1824
Ο Πρόεδρος
Γεώργιος Κουντουριώτης»
Στα τέλη Μαΐου τού 1824, εμφανίστηκαν μπροστά στην Κάσο 45 πλοία πού μετέφεραν 4000 άνδρες με αρχηγό τον ίδιο τον Χουσεΐν μπέη, πού είχε πνίξει στο αίμα την επανάσταση στην Κρήτη. Τα οθωμανικά πλοία αγκυροβόλησαν κοντά στο νησάκι της Μακράς και επί δύο ημέρες κανονιοβολούσαν χωρίς αποτέλεσμα την Αγία Μαρίνα, όπου ήταν συγκεντρωμένη η μεγαλύτερη δύναμη των Ελλήνων. Οι έμπειροι Κασιώτες απαντούσαν με εύστοχους κανονιοβολισμούς. Περίπου 4000 βόμβες έπεσαν στο νησί από τα δεκάδες κανόνια των πολεμικών πλοίων των Οθωμανών.
Τη νύκτα της 6ης Ιουνίου 1824, αποσπάστηκαν από την κύρια δύναμη τού εχθρικού στόλου, 25 βάρκες υπό τον χιλίαρχο Μούσα, οι οποίες κατευθύνθηκαν χωρίς να γίνουν αντιληπτές προς τη θέση Αντιπέρατος, νοτιοδυτικά της Αγίας Μαρίνας. Οδηγό τους είχαν έναν Κασιώτη προδότη, ονόματι Ζαχαρία. Οι μωαμεθανοί στρατιώτες σκότωσαν τούς έξι αμέριμνους φρουρούς και κατευθύνθηκαν στις πλάτες των Ελλήνων, οι οποίοι είχαν την προσοχή τους στην κύρια δύναμη τού στόλου πού βομβάρδιζε ανηλεώς ώστε να τούς αποσπάσει την προσοχή από την ομάδα πού επιχείρησε την απόβαση.
Το ξημέρωμα της 7ης Ιουνίου 1824 βρήκε τούς Κασιώτες τρομοκρατημένους. Έβλεπαν πίσω τους τα τούρκικα μπαϊράκια και τα τέσσερα χωριά τους πατημένα από το πόδι των Αγαρηνών. Η μάχη είχε πλέον χαθεί και όλοι οι Κασιώτες διέλυσαν τις γραμμές για να τρέξουν να σώσουν τις οικογένειές τους. Οι μουσουλμάνοι άρχισαν το σύνηθες έργο της σφαγής, της λεηλασίας, των βιασμών και των βασανιστηρίων. Τα κεφάλια πήγαιναν με τη σωρό στον Χουσεΐν μπέη για να στήσει την πυραμίδα του και να ανταμείψει με γρόσια τούς «γενναίους» πολεμιστές τού Αλλάχ.
Ένας από τούς πλοιάρχους της Κάσου, ο Μάρκος Μαλλιαράκης, πού ξεχώριζε για την ανδρεία του, δικαίωσε μετά από λίγο τη φήμη του. Μέσα στη γενική απελπισία, μάζεψε μερικούς συντρόφους του και πολέμησε μέχρι τέλους τούς εισβολείς. Λέγεται ότι σκότωσε μόνος του περισσότερους από τριάντα τούρκους. Τελικά όμως πιάστηκε αιχμάλωτος και οδηγήθηκε στον Χουσεΐν μπέη. Ούτε εκεί λύγισε και αφού έσπασε τα δεσμά του, άρπαξε το μαχαίρι από τη ζώνη ενός Οθωμανού, σκότωσε άλλους δύο για να βρει ηρωικό θάνατο κατατρυπημένος από τα κτυπήματα των μαχαιριών των υπόλοιπων τούρκων.
Ο Μάρκος Μαλλιαράκης, γνωστός και σαν Διακοσάρης, ήταν από τούς πρώτους καραβοκύρηδες πού εξόπλισε το μπριγιαντίνη του «Λεωνίδας», για να σηκώσει το λάβαρο της επανάστασης στην Κάσο τον Απρίλιο τού 1821. Τον Ιούνιο τού 1821, είχε βοηθήσει με δικά του εφόδια και έξοδα τούς Κρητικούς, ενώ στις 28 Ιουλίου είχε ενωθεί με τον Ελληνικό στόλο και είχε επιτεθεί στον εχθρό πού έπλεε κοντά στην Κω. Το 1823 διορίστηκε έπαρχος και οργάνωσε αποτελεσματικά τη διοίκηση και την άμυνα τού νησιού. Αντιπροσώπευσε την Κάσο στη Β’ Εθνοσυνέλευση τού Ίστρους Κυνουρίας, το 1823.
Ύστερα από τις σφαγές, η Κάσος των 7000 κατοίκων ερήμωσε. Το νησί γέμισε από τα κουφάρια των ανθρώπων πού κάποτε το κατοικούσαν και τού έδιναν ζωή. Οι όμορφες γυναίκες με τα παιδιά τους γλύτωσαν τη ζωή τους, αφού οι Τουρκοαιγύπτιοι τις μετέφεραν για να τις πουλήσουν στα σκλαβοπάζαρα της Αλεξάνδρειας. Ο Γιβραλτάρ, όμως πού ήθελε πληρώματα για τα πλοία του, υποσχέθηκε στους επιζήσαντες άνδρες ότι θα τούς ελευθέρωνε τις οικογένειες εάν αυτοί επάνδρωναν τα πλοία του. Δυστυχώς, πολλοί ήταν εκείνοι πού τον πίστεψαν και μπήκαν στην υπηρεσία τού Αιγύπτιου ναυάρχου, χωρίς φυσικά να δουν ποτέ τα αγαπημένα τους πρόσωπα, πού ήδη είχαν πουληθεί και διασκορπιστεί στις εσχατιές των μουσουλμανικών χωρών.
Ο Γιβραλτάρ, όταν μετά από λίγο καιρό συνάντησε το Γάλλο ναύαρχο Δεριγνί, τού είπε κομπάζοντας: «Η Κάσος σβήστηκε από το χάρτη. Δεν αφήσαμε ούτε ρουθούνι ζωντανό…»Ο Γάλλος, προφανώς εκνευρισμένος με την αλαζονεία τού μουσουλμάνου, τού απάντησε: «Αγαπητέ μου, δεν έκανες τίποτα σπουδαίο. Οι Έλληνες θα επανέλθουν και θα αναγεννηθούν από τις στάχτες τους, όπως ο μυθικός Φοίνιξ της Ελληνικής μυθολογίας.»
